A travers son histoire, « Athos » renvoie à différentes réalités : lieu mythique, lieu saint, république monastique, mais aussi et surtout un lieu d'intériorité, de silence et de prière….
Dans la mythologie grecque, Athos est un Géant qui, lors d'un combat, aurait jeté une « pierre » sur Poséidon. Manquant sa cible, elle s'enfonça dans la mer Egée et devint la montagne qui porte le même nom.
Athos devint ensuite une terre chrétienne après la conversion de l'empereur Constantin au IVe siècle après Jésus-Christ. A partir du VIIe siècle, persécutés par les musulmans et chassés par les iconoclastes, de nombreux moines vinrent se réfugier au Mont Athos pour y vivre en ermites. Afin d'empêcher la venue de brigands ou de bergers, et préserver ainsi la tranquillité des anachorètes, il fallut une ordonnance impériale en 885 pour leur interdire l'accès. De même, afin d'écarter les tentations et « chasser les mauvaises pensées », il fut déclaré qu'aucune créature de sexe féminin, humaine ou animale (la zoophilie était une pratique fréquente à l'époque), ne pourrait se rendre sur la péninsule. Cette loi (« abaton ») est d'ailleurs toujours en vigueur : aucune femme n'est admise au mont Athos.
L'année 963 marque la naissance de la communauté monastique telle que nous la connaissons aujourd'hui, avec ses règles de vie et son organisation. C'est en effet à cette date que le moine Athanase, grâce aux dons de son ami l'empereur byzantin Nicephore Phocas, fit bâtir le premier monastère, la Grande Laure et son église centrale, le Catholicon, et fit du mont Athos un des plus importants centres de spiritualité orthodoxe de l'empire byzantin. D'autres monastères s'érigeront très vite (la plupart avant le schisme avec Rome en 1054) sur tout le pourtour de la péninsule.
Le mont Athos connut de nombreuses évolutions au fil des siècles, dont une résistance farouche contre la mainmise romaine à l'époque des croisades, la sujétion à l'empire ottoman ainsi qu'une diversification de sa population (on y trouve des monastères russes, géorgiens, serbes, bulgares, roumains…). Athos compta ainsi plusieurs dizaines de milliers de moines au XVIe siècle.
On actuellement vingt monastères sur le mont. Le nombre de moines est reparti en hausse depuis une vingtaine d'années : ils seraient 2 200 désormais, alors qu'il n'en restait pas la moitié au début des années 1960. Bien que l'entrée au Mont Athos soit extrêmement règlementée, beaucoup de jeunes y viennent de tous pays, attirés par l'idéal ascétique et la réputation exemplaire du lieu.
La commémoration du millénaire du mont Athos en 1963, puis son entrée au patrimoine mondial de l'humanité par l'Unesco en 1988 expliquent sans doute en partie ce regain d'intérêt pour la Sainte Montagne. Mais ce renouveau passe aussi par une reviviscence de l'héritage théologique et spirituel des grands saints hagiorites (du grec hagios oros, sainte montagne), anciens tels Grégoire Palamas et Nicolas Cabasilas au XIVe siècle, ou modernes comme saint Silouane au XXe siècle.