Or, Paris à cette époque est en pleine effervescence, un vent de révolution souffle sur l'Eglise depuis que sept ans auparavant, un moine allemand du nom de Martin Luther a critiqué publiquement certains abus du catholicisme romain. Il avait mit le feu aux poudres en publiant 95 thèses dénonçant le principe et la pratique des indulgences (qui exigeaient que l'on paye une amende pour pouvoir être pardonné après une confession). Depuis, la Réforme avaient gagné du terrain en Suisse et en France, et commençaient à séduire une population de plus en plus nombreuse.
Alors étudiant à Paris, Calvin fréquente certains sympathisants de la Réforme, mais, trouvant Luther trop virulent contre l'Eglise, il n'y adhère pas et reste fidèle à la doctrine catholique.
En 1528, Calvin part étudier le droit à Orléans, dans une faculté très réputée à l'époque, où il commence à fréquenter les milieux humanistes et les cercles de théologiens où se discutent les idées nouvelles. Il y apprend entre autre le grec et l'hébreu.
L'année suivante, il part continuer ses études de droit à Bourges. Après la mort se son père en 1531, Calvin part à Paris pour se consacrer à des études de lettres dans une nouvelle université d'orientation humaniste fondée par François 1er.
La conversion
En 1531, Calvin a 22 ans, il vient de terminer sa formation de juriste et dispose d'une bonne culture universitaire, notamment en lettres et en théologie. Il doit désormais choisir son orientation. Il rédige quelques textes et publie un commentaire sur le De Clementia, de Sénèque, mais il rencontre un succès très relatif dans les milieux littéraires, ce qui l'amènera sans doute à considérer la théologie comme une carrière plus sure.
A cette période, Calvin est toujours fidèle au catholicisme romain, bien que baignant dans un milieu humaniste prompt aux idées nouvelles et fréquentant des intellectuels réformés tels que son cousin Olivétan , Jacques Lefèvres d'Etaples ou Guillaume Budé. Reste à savoir quand et comment s'est produit la conversion chez Calvin. Est-elle comparable à celle qu'a connue Paul sur le chemin de Damas, soudaine et « mystique » ? Ou a t-il été simplement influencé par la jeunesse étudiante de son époque ? Lui-même n'en a jamais vraiment parlé, et il est en outre difficile d'en donner une date précise. Ce qui est sûr, c'est qu'à partir de 1533, alors que Paris devient de plus en plus hostile aux idées de la Réforme,Calvin prend définitivement et fermement parti en faveur de l' « hérésie » protestante.
Sa rupture avec l'Eglise catholique commence en 1533, lorsque Calvin participe, avec Nicolas Cop, le recteur de l'Université de lettres qu'il fréquentait à Paris, à la rédaction d'un discours favorable aux idées de la Réforme.
Ensuite, en 1534, Calvin renonce aux bénéfices ecclésiastiques qu'il recevait depuis l'age de ses 12 ans de la part des chanoines de Noyon, qui représentaient alors un revenu non négligeable.
Enfin, avec l'affaire des Placards (des affiches en faveur de la Réforme avaient été placardées jusque sur la porte de la chambre du roi), François 1er déclenche les premières persécutions contre les protestants. Calvin quitte la France et part se réfugier à Bâle. Là, il se consacre à son travail théologique. Son premier texte dogmatique est l'introduction à la traduction en français de la Bible par son cousin Olivétan. Son second ouvrage est un résumé de l'essentiel de la foi chrétienne : L'institution de la religion chrétienne, (1536). Il s'agit de la première édition en latin de son œuvre majeure qu'il ne cessera de remanier et d'augmenter toute sa vie.