Mais c'est par son engagement dans la cité qu'il jouera pleinement son rôle d'intellectuel : il publie en mai 1958 aux éditions de Minuit, L'Affaire Audin, un livre-évènement, véritable enquête historique sur la disparition de Maurice Audin, jeune assistant de mathématiques et militant de l'Algérie indépendante, mort sous la torture des parachutistes français.
Marqué par la mort de ses parents déportés en 1944 et bercé par le récit que lui faisait son père de l'affaire Dreyfus, Pierre Vidal-Naquet s'est engagé dans de nombreux autres combats : la guerre du Vietnam, Mai 68, le rapprochement israélo-palestinien et enfin contre les négationnistes et Robert Faurisson.
Par son éclectisme érudit, son engagement sans faille et son caractère militant, Pierre Vidal-Naquet est l'archétype même de ces intellectuels du second XXe siècle, de ceux que François Dosse appelle les « vigies », une figure qui aujourd'hui semble faire tristement défaut sur la scène du débat public.